Berdasarkan sejarah terbentuknya desa, Desa Hameli Ate digagas untuk mekar dari Desa Induk Mangganipi pada tahun 2012 oleh  beberapa penggagas yaitu : Bernardus Bulu (Ketua), Agustinus Kailo Woya (Anggota), Yohanes Ndara Mone (Anggota), Hilarious Bani (Anggota), Yusuf Hendrik Hoke Raya (Anggota), Urbanus Lere Bokol (Anggota).

Enam orang penggagas ini, adalah inisiator pemekaran, karena wilayah Desa Mangganipi pada saat itu sangat luas, sehingga banyak sekali lahan yang tidak terolah secara maksimal, dan terkesan lahan tersebut adalah lahan tidur. Alasan kedua adalah control dan pengawasan sama sekali tidak maksimal, terutama dalam pelayanan dalam berbagai bidang, baik dalam adminstrasi, pelayanan publik. Melalui pemekaran hasil yang diharapkan adalah  proses pembangunan lebih mudah dalam mencapai arah program pembangunan desa.

Pada saat desa dibuka dan digagas pada tahun 2012, oleh penggagas diberi nama Desa Hameli Ate yang artinya prihatin atas kejadian alam yang terjadi, karena peristiwa bencana banjir yang menyebabkan semua jenis tanaman musnah dan rusak, dan dengan nama ini, diharapakan lebih waspada, lebih berhati-hati dalam membina hubungan dan relasi dengan alam semesta dan manusia,  dan pada tahun  2013  menjadi Desa Hameli Ate menjadi desa definitive.

Pada 2013-2014, Kebijakan Pemda Sumba Barat Daya menunjuk  PLT I Desa Hameli Ate dalam kurun waktu satu tahun, untuk mempersiapkan desa dan proses pemilihan perangkat desa baru. Pada tahun 2014 diadakan pemilihan Kepala Desa pertama atas nama Lorensius Loghe Homba dengan masa jabatan berakhir sampai 2019.

Pada tahun 2019, setelah masa akhir jabatan kepala desa pertama, posisi kepala desa diambil alih oleh Penjabat Kepala Desa yang ditunjuk langsung oleh Bupati Sumba Barat Daya dalam hal ini Hendrik Rendi Kaka, dan berakhir pada tahun 2020, kemudian digantikan oleh Petrus Jahadili Dawa, S.sos dengan masa jabatan 2020-2021. Petrus Jahadili Dawa, S.sos diangkat menjadi Penjabat Kepala Desa Hameli Ate adalah dalam kerangka mempersiapkan pemilihan kepala desa definitive yang akan dilaksanakan pada tanggal 30 Juni 2021. Pada tanggal 15 Oktober 2021 Oktavianus Bengo Daha, S.Pd resmi dilantik menjadi kepala desa definitive untuk periode 2021-2027.